秦檜害死39歲的岳飛後，風光活了13年。在高宗去他家探視病情時，秦檜默默流淚，秦檜的這種表現並非「人之將死，其言也善」，他並沒有在自己將死的時候，後悔自己的惡行，而是在臨死時還在玩着花招。
秦檜本性很自私陰險惡毒，從他害死岳飛的手段便知。紹興十一年（1141年）十月，秦檜讓諫官萬俟卨彈劾岳飛，讓張俊誣告岳飛部將張憲謀反，抓走張憲，對其動用私刑逼供，岳飛父子被押送大理寺岳（原址在今杭州小車橋附近）獄中。當時的金國因無力攻滅南宋，退而求其次提出與宋議和，秦檜從個人利益出發積極響應。
完顏宗弼在給秦檜的書信中提出一個條件必須先殺了岳飛才能議和：「爾朝夕以和請，而岳飛方為河北圖，且殺吾婿，不可以不報。必殺岳飛，而後和可成也。」
而宋廷想借機打壓手握重兵的將領，特別是主戰派的岳飛、韓世忠二人，秦檜明白了朝廷的意思，就立刻加速了殘害岳飛的步伐。
「不是一家人不進一家門」，秦檜的老婆王氏也是個陰險毒辣的人，他提出要對岳飛斬草除根，秦檜毫不猶豫地聽從，暗暗對岳飛重手出擊。
秦檜讓黨羽萬俟卨、羅汝楫彈劾，誣蔑岳飛援淮西「逗留不進」、主張「棄守山陽（楚州）」，使岳飛被罷樞密副使之職，接着誣告岳飛，給他羅列罪名，說岳飛曾說自己和宋太祖都是三十歲任節度使，謾侮先皇、意圖謀反！大家都知道宋太祖是黃袍加身奪取的江山，得位不正，宋朝後來的統治者因而最忌諱自己的武將走這條路，秦檜這樣說岳飛就是想給他扣上謀朝篡位的罪名，秦檜怕這樣還弄不死岳飛，又以受詔不救淮西等罪名，他在淮西之戰中羅列罪名有四：一、逗遛違詔，二、辭以乏糧，三、不攜重兵，四、緩於救濠，條條都是死罪，秦檜自編自演最終的目的就是讓岳飛毫無生還之機。
秦檜羅列的這些栽贓的說辭，根本站不住腳，一些朝廷官員看不下去，起來為岳飛鳴冤辯護，結果都被秦檜打壓處置。秦檜利用自己的權力，大肆打壓異己，讓整個朝廷都成了他的傀儡。那些反對他的人，輕則被貶官流放，重則丟了性命，整個南宋朝廷被他搞得烏煙瘴氣。
例如大理寺丞李若朴、何彥猷認為岳飛無罪，被罷官；
宗正卿趙士㒟以全家百口人的性命擔保岳飛無罪，被秦檜報復遭革職並逐出臨安。
文士智浹、布衣劉允升、范澄之等也分別上書為岳飛申冤，但都受到株連，劉允升被下大理寺處死，智浹、范澄之後來都死於流放地。
最終，秦檜以 「莫須有」的罪名，將被打得遍體鱗傷的岳飛賜死獄中，將岳飛的長子岳雲和愛將張憲拉到菜市場砍頭。
岳飛的冤死引起全國百姓的悲痛、惋惜、哭泣哀嚎聲一片，百姓們紛紛感嘆 「奈何生在亂世人」，可也只能恨自己人微言輕對此無能為力。
因為這幕後的支持者不是一般人，秦檜趙構君臣二人之間有着赤裸裸的交易，有些事、有些人趙構不便直接露頭的，秦檜就露頭，趙構不便出手的秦檜就出手。
害死岳飛後，秦檜在朝廷中更加肆無忌憚。
就在岳飛剛被害死後，宋金《紹興和議》的手續徹底完成並實施，宋金遵照協議，讓徽宗及顯肅皇後、憲節皇後的靈柩運至行都，太後還慈寧宮。
為了表彰秦檜的「功勞」趙構對秦檜封官加爵，先是封秦檜為太師，進封魏國公，之後不到一個月接着進封秦、魏兩國公，秦檜繼子秦熺進士及第。
和議已成定局，得勝的秦檜更加囂張，他如風卷雲涌般地報復之前反對自己的人，那些主戰派一個個都遭了殃，秦檜貶號稱「小元祐」的趙鼎於潮州，後來將年過花甲之年的趙鼎逼得絕食而死；貶主戰派王庶於道州，王庶剛到被貶地就一命嗚呼，估計被秦檜下了毒手；胡銓被貶於新州（今廣東新興）管制，永不錄用，後來再被貶至吉陽軍（今海南三亞市崖州區）；曾開、李彌遜、張俊等也被罷官。
岳飛被害死後的第一年（1143年），秦檜為掩蓋自己的罪行，為愚弄天下萬民，秦檜藉助天象和各種地理氣象來粉飾太平，甚至製造假象。天降大雪時他就裝模做樣地慶賀瑞雪，看到楚州奏鹽城縣海水清澈，就奏請朝廷慶祝；當聽聞虔州知州薛弼說在木頭內發現文字「天下太平年」，秦檜更加弄虛作假，天天上祥報，除了向天下瘋狂輸出各種「喜訊」和「祥瑞」，另外在不停地打擊排斥異己，例如曾上疏彈劾秦檜十大罪狀，後來又為岳飛辯護的胡舜陟遭秦檜報復逼死在獄中；宋高宗親選的狀元郎張九成拒絕求和被秦檜屢次報復，被貶謫居南安軍（今江西大余）……
岳飛被害死的第二年，也就是紹興十四年（1144年），秦檜興風作浪大興文字獄，無論是誰只要和秦檜言語不和就會遭殃，例如因言獲罪者有黃龜年、白鍔、張伯麟、解潛、辛永宗等，趙鼎、李光都被再次流放到海島。
接着秦檜罷免吳表臣，之前在宋、金達成和議時，吳表臣就得罪了秦檜，秦檜想派吳表臣出使，議定地界，並指政事堂為餌，被吳表臣拒絕了，後來又因普安郡王（趙伯琮）封典與秦檜意見不合，吳表臣被罷官；因立嗣一事蘇符（蘇軾的孫子）等人也遭秦檜打擊。
秦檜比秦國的趙高過猶不及，類似「指鹿為馬」的場景在朝廷不斷上演，秦檜身邊出現一批趨炎附勢的小人，例如台州曾惇為獻詩，稱秦檜為「聖相」 許多跟風獻媚的官員如蒼蠅般向秦檜涌來，紛紛上書拍秦檜的馬屁，將他捧上超越古代聖賢的地位，有人竟稱他為「元聖」。秦檜的權勢為他自己和他的家族帶來無盡的福利和榮耀，秦檜讓養子秦熺任秘書少監，讓他負責撰修國史；還明目張膽地焚毀自罷相以來涉及自己的所有詔書和奏章，企圖掩蓋自己作惡的證據。
在岳飛被害死的第三年，趙構對秦檜全家大加封賞，他賞賜秦檜府第，對秦檜的家眷都加封官職。高宗將親筆題寫的「一德格天」的匾額賜給秦檜，給他特別的榮耀，趙構賜的這幾個字出自宋代曹勛的《政府生日四首》「一德格天瞻相業，密不雨協郊禋。」。回想以前高宗曾為岳飛親筆書寫「精忠岳飛」四個大字並製成錦旗送給岳飛，岳飛的精忠更加宋朝上下家喻戶曉。當時高宗送秦檜匾額，就是向天下宣告，秦檜所做的一切是被趙構認可的，天下也應認可。
岳飛被害死的第四年，秦檜建家廟，高宗賜給他祭器，給足了秦檜臉面，帝王賜將相祭器這在歷史上還是頭一遭。到目前為止，秦檜仍沒有停止對異己的重力打擊，張九齡之弟張九皋的後代張浚上疏進言說形勢嚴峻、要早作預備，並上奏備戰抗金，秦檜得知後大怒，削其兵權，將他貶至連州。
《宋史》卷473：十六年正月，檜立家廟。三月，賜祭器，將相賜祭器自檜始……張浚上疏，言："今事勢如養大疽於頭目心腹之間，不決不止，願謀為豫備。不然，異時以國與敵者，反歸罪正議。"檜久憾浚，至是大怒，即落浚節鉞，貶連州，尋移永州。
岳飛被害死的第五年，秦檜被封為益國公。秦檜的異己越來越少，獻媚的人在逐漸增長，進士施鍔上文歌頌時政，秦檜看到大大喜歡，永免其文解，這等於為他以後的考試免去很多麻煩。也就是說施鍔以後參加中央考試可以不用審核地方官給予文解的證明文書之類。從此對秦檜頌詠獻媚的人越來越多，當時整個朝廷黑白顛倒，謊話飛滿天。
岳飛被害死的第六年，秦檜繼續打擊異己，將門之後李顯忠因上奏恢復中原，被秦檜嫉恨削去軍職。
岳飛被害死的第七年，秦檜的人生達到巔峰，高宗命人為秦檜制畫像，並厚顏無恥地親自對秦檜做贊；當秦檜聽到各郡都上奏說監獄已空，秦檜為堵天下悠悠之口再次禁私撰野史，允許民間告發對自己不利的口舌。
岳飛被害死後的第八年，久積在心的民怨終於爆發，正月里的一天，就在秦檜上朝的路上，殿司小校施全拿着利刃擋在秦檜的轎子前，要刺殺秦檜，秦檜的跟隨奮力抵抗，施全因寡不敵眾被拿下，過審後在鬧市被處死。
雖然秦檜沒有被刺殺，但是這次刺殺在精神上給秦檜以重擊，秦檜從此有了心裡陰影，特別懼怕死亡，他只要出門就一定帶上侍衛，夜間有時會被噩夢驚醒；緊接着秦檜對異己的打擊更加喪心病狂：
李光的次子李孟堅右承務郎，因譏謗朝政，引起秦檜不滿，秦檜隨便找了個理由說他撰寫自己老爹的私史，對其罷官除名貶至峽州，連坐八人。
緊接着秦檜以「誹謗」罪論處汪大圭，劉紀中、惠俊等人，而對於秦檜的惡行，高宗繼續縱容，秦檜生了病，高宗允許他乘轎上朝、免朝拜禮。
岳飛被害死的第十年，秦檜在言論上更加敏感，一言不合就以誹謗罪論處，以「誹謗朝政罪」製造王庶兩個兒子王之奇和王之荀、葉三省、楊煒、袁敏求四大冤獄案。王庶反對議和被秦檜逼死在被貶的路上，這還不算完，秦檜又對其兩個兒子趕盡殺絕。
岳飛被害死的第十一年，秦檜奏請高宗將不利於自己的證據毀滅掉，他讓高宗從台州謝伋家收回綦崈禮所受的聖旨也就是秦檜第一次被罷相的聖旨，距離此時已經有22年之久。
當時秦檜和呂頤浩共掌朝政，呂頤浩剛正有骨氣，和抗金名將張浚、韓世忠等是好友，早就看不慣秦檜的小人嘴臉。秦檜知道呂頤浩就是自己仕途的絆腳石，就密謀奪呂頤浩權，他讓黨羽造謠說：「周宣王修內政、攘外敵，故能中興，今二相應分管內政外政。」高宗聽信秦檜的讒言，詔命呂頤浩去管軍旅，秦檜專管政務。
秦檜畫像
呂頤浩不甘讓小人拿捏，就讓黃龜年彈劾秦檜，將秦檜的卑鄙技倆公布朝廷，揭示他專主和議，破壞恢復，結黨專權，說秦檜就如王莽、董卓之類。不久，秦檜黨羽皆被罷出尚書省。接着高宗召綦崈禮入宮奏對，拿出秦檜所陳二策給他看（河北人還金國，中原人還劉豫）。並說：「秦檜說『南人歸南，北人歸北』。朕是北人，將歸哪兒？秦檜又說『為相數月，可聳動天下』，朕至今也沒看到。」綦崈禮就把高宗的意思寫入訓辭，布告中外。隨後，高宗降詔，罷去秦檜相位，任為觀文殿學士，提舉江州太平觀，並張榜朝廷，以示不再復用。
秦檜一輩子都在算計別人，沒想到自己當宰相才幾個月就被被人彈劾罷相，並將自己揭露得體無完膚，這對秦檜來說是一生的恥辱，他如今一手遮天，根據他的低劣人性自然想將這段不利於自己的歷史抹去。
岳飛被害死的第十二年，自知壽命不長的秦檜更加着重培養提拔子孫，他的孫子秦塤（xūn）以鎖廳試和省試第一的身份參加殿試，這次「鎖廳試」的主考是陳之茂，秦檜為了讓自己孫子得第一，開考前秦檜多次向陳之茂暗示，陳之茂看不慣秦檜那一套，他就將29歲的陸游判定為第一名，不過畏於秦檜的權威，還是將秦檜的孫子排了第二。「鎖廳試」結束後，舉行省試，主考官是秦檜的親信御史中丞魏師遜、禮部侍郎兼大學士湯思退，結果秦塤為第一，陸游下了榜。
陸游
在進行殿試時，趙構親自主持的考試，他選出第一名就是狀元，當高宗讀到秦塤的文章，發現其行文語氣與秦檜毫無二致，就欽點張孝祥為狀元，降秦塤為第三（探花）。
不過由於秦檜的運作，秦塤被任為實錄院修撰，宰相子孫同領史職，前所未有。
岳飛被害死後的第十三年，沈長卿和芮燁共賦《牡丹詩》，被鄰人告發，皆被貶；對秦檜賦詩獻媚的知府呂願中被召用。這時竟然有人奏請秦檜乘金根車（天子法駕，所乘曰金根車，駕六龍，以御天下）、設益國府官署、加九錫，秦檜泰然受之。
不久，秦檜病重，八月，宋太祖趙匡胤的五世孫趙令衿無意冒犯秦檜，在會賓客觀看權相秦檜祖祠時說過「君子之澤，五世而斬」，而遭秦檜爪牙誣告，被投入大牢。御史徐喜揭發趙鼎之子趙汾與趙令衿關系密切，被送入大理寺。秦檜對趙鼎、張浚和胡寅深惡痛絕，趙鼎已死，秦檜就讓趙汾自誣與張浚、胡寅謀劃叛亂，企圖將他們一網打盡，受牽連者達53人。秦檜當時病得手無提筆之力，無法寫字，這些人才撿回小命。
《宋史》卷473：趙令衿觀檜《家廟記》，口誦"君子之澤，五世而斬"，為汪召錫所告。御史徐嚞又論趙鼎子汾與令衿飲別厚贐，必有奸謀，詔送大理，拘令衿南外宗正司。檜於一德格天閣書趙鼎、李光、胡銓姓名，必欲殺之而後已。鼎已死而憾之不置，遂欲孥戮汾。檜忌張浚尤甚，故令衿之獄……至是，使汾自誣與浚及李光、胡寅謀大逆，凡一時賢士五十三人皆與焉。獄成，而檜病不能書。
秦檜害死岳飛後一邊往自己臉上貼金，一邊打壓排斥異己，壞事做盡，身上背着成百上千的人命債，一步步走向死亡，他突然病倒，很嚴重，瀕臨死亡那種。
對於秦檜將死的消息，趙構甚至有些不相信，他佯裝關切去探望病情，一探虛實。
趙構是忌憚秦檜的，秦檜的陰險、惡毒趙構盡收眼底，甚至感覺「駕馭不了」秦檜。他自己曾說，只要和秦檜見面都要在靴子裡暗藏匕首自衛。其實趙構在岳飛被害中是主謀，他不過是暗地操作，讓朝臣抓不到把柄，只會看到秦檜在把持朝政冤殺大將，趙構說因懼怕秦檜而鞋子藏刀自保，說秦檜權勢滔天，擅自處理奏摺等等，都是圍着「撇干淨殺岳飛」的真相而已。
紹興二十五年（1155年）十月二十一日，高宗去秦檜家探視病情，秦檜躺在床上，臉色蒼白，氣息微弱，無一語，只流淚而已。在生命的最後一刻秦檜還想和趙構做交易，無奈自己已無資本，甚至連說話的能力都沒有了，只好用眼淚來試圖換取「老搭檔」的同情，他想讓趙構滿足自己最後的心願讓自己的「兒子」秦熺襲宰相之職。秦檜一生無自己的親生孩子，過繼自己大舅子的私生子秦熺為養子，臨死前着為養子謀後路。
秦檜滿臉淚流是想也只能用這樣的招數讓趙構對自己多年來的背鍋「害死岳飛」給與最後的補償。
高宗看到秦檜馬上就一命嗚呼，確定他將不再對自己構成任何威脅時，就直接命沈虛中草擬秦檜父子的致仕制書（辭官書）。當夜，秦熺派秦塤同林一飛、鄭木冉見台諫官徐喜、張扶，策劃自己的拜相事宜，但這一切都是徒勞。就在秦檜閉眼的前幾個小時，趙構加封秦檜為建康郡王，進秦熺為少師，皆致仕（「還祿位於君」）。
當晚，秦檜帶着失望，帶着遺憾憤恨而死，終年66歲。至於宋高宗親自為秦檜墳墓題寫神道碑額，題字：「決策元功，精忠全德」，把秦檜當作大功臣、大忠臣表彰，讓秦檜死後備哀榮，也不過是掩蓋自己當年幕後害死岳飛的真相罷了。
秦檜在岳飛死後，雖然一度權勢滔天，但他的罪行終究被人們所揭露，岳飛的死讓他背負了千古罵名，他在朝中結黨營私，貪污腐敗，殘害忠良，這些行徑引起了公憤，他的罪行永遠不會被人們忘記，岳飛廟內秦檜夫婦的跪像已經定格在世人心裡，秦檜的罪惡正如朱熹所說：「秦檜之罪所以上通於天，萬死而不足以贖買。」
