1644年，左良玉率兵東下，武昌便成了一座空城，得知這一消息，兵敗之後的李自成立即命令大順軍水陸並進，長驅直入武昌，而此時，清兵則在阿濟格的督率下，業已進至德安及承天一線。
李自成一占領武昌，立即便大閱兵馬，一方面對各方將士進行縮編整飭，一邊則檢點部下將士，其時，李自成雖因占領武昌而多少有些興奮，可是，眼見昔日跟隨自己的部將不是戰死，就是逃亡，而今跟隨在側的，便只有劉宗敏、劉芳亮、劉體純、田見秀等人，一些李氏宗族的將領已大都不存在了；李過及高一功所部仍沒有跟隨上來，因此，一時之間，李自成便有些傷感。
不僅於此，貴妃陳氏的病情卻每況愈下，差不多已到了病入膏肓之境了，李自成心裡明白，自己的這位如意夫人很快便就要離他而去了。
也就在李自成進駐由昔日的樊王府改作的王宮的當晚，貴妃陳氏便不治身亡。
皇後高氏為這位一直伴隨着自己一同侍奉李自成的姐妹之死，簡直哭得淚人一般，可是，李自成卻突然沒有了眼淚，他唯有無盡的傷感，唯有站在王宮前的露台上望着寂寞的藍天發呆。
為了大順軍的防務事宜，陳氏死亡的第二天，李自成便命人請來幾位道士念了一段經文，舉行了一個雖說不上隆重卻在如此兵荒馬亂之際亦實屬難得的葬禮後，便將其草草地安葬了，本來，高氏曾提出要多殯些時日，好好地為其做個道場，但李自成和宋獻策皆一致認為，當此大兵壓境之際，絕不能因此而貽誤了軍機大事，萬一因此而遭滅頂之災，那便是後悔亦來不及了。
安排完陳氏簡單的後事，李自成便在昔日的楚王府里開始了重新草創朝廷的工作。
然而，當他就這朝廷的各個衙門，部屬等進行任命安排的時候，他才發現，由於文武官員，死的死，逃的逃，一時間，連各方面的衙門都難以配齊，甚至那些鹵簿儀仗及一切御用之物，亦早已遺棄無存。
李自成看見這副樣子，對重新組建朝廷便沒有了心思，而且仔細一思量，方此大敵當前之際，似乎組織這樣的東西亦沒有太多的意義。
是以，他只得責成諸將趕緊操練人馬，並就武昌附近的水陸隘口，擇險扼堵，以防備清兵的進攻。
卻說那清兵督帥阿濟格在離開西安後便一路追擊，馬不停蹄，其間，吳三桂得知李自成已是窮途末路，驚弓之鳥，遂率領他的數萬關寧鐵騎甘願作為前鋒，似乎要最終一報那奪妾之仇與殺父之仇一般，窮追猛打。
清兵一進入湖北，大兵便分成水陸兩路，長驅殺向武昌而來，一時間，沿途烽煙四起，旌旗蔽野，鼓角喧天，浩浩盪盪，大有黑雲壓城城欲摧之勢，其時，大順政權的襄陽，承天等各地府尹、守將都先後投降。
襄陽知府牛儉本是牛金星的兒子，曾幾何時，牛金星身為宰輔大臣大順大學士時，一手遮天，便讓其做了襄陽重鎮的知府。
但是，當牛金星在西安被鎖大牢終被鄧岩忠救出後，他便馬不停蹄地逃到了這里，以托兒子的庇護。
但是當清兵阿濟格部一路追殺到此時，他便立即鼓動兒子投降了清兵，而他本人則帶着兩名妙齡姬妾秘密地回到了寶豐老家，賦閒做起了寓公。
以後，當大順滅亡後，紅娘還秘密追訪於此，尋得下落，並將其秘密處死，以報殺夫之仇，如此，堂堂的大順丞相兼武英殿大學士便有了這樣一個丑惡的結局，只是這已經是後話了。
卻說清兵一路追擊，沿途各行人等望風納款，不多幾日便直達漢陽，兵臨武昌城下。李自成大驚，立刻召見文武商議戰守之策。恰在這時，派往成都聯絡張獻忠的信使回來，李自成聽其稟報，不禁大失所望，他明白，一切都只能靠自己了，他人是沒啥指望的。
此時昔時楚王府的大殿裡，李自成會同宋獻策、劉宗敏、劉芳亮、劉體純、田見秀、李來亨、李友等一幫文武正在進行緊急商議，李自成完全溢副手足手措的樣子，其焦急的心情溢於言表。
這時，只聽劉宗敏豪情滿懷地大聲道：「皇上不必多慮，常言道，水來土掩，兵來將擋，事到如今，除去拚命一戰，亦沒什麼辦法了，咱劉某屢受陛下知遇之恩，今兒情願與滿韃子大戰一場，捨命以報皇上便是。」
宋獻策則出班奏道：「滿韃子兵威強盛，武昌必是難守，我等不如立即放棄武昌，沿長江一線東下，直往南京及江浙富庶之地，以利用其人力物力，竭力周旋。」
小將李來亨立即出班贊成：「末將以為，我等大軍20餘萬人馬，人多勢眾，實不利於行動，不若分散撤退，多路出擊，這樣既可突出重圍，亦可打亂清兵的部署，然後，我等再行聚合。」
李自成想了想，看來亦只好如此了，遂當即做出決定：大順軍立即兵分三路撤出武昌，田見秀率兵兩萬向咸寧、蒲圻等地趨動，劉體純率所部一萬餘人馬向湖廣、潛山等地南下，李自成則親率大順軍主力及家眷會同劉宗敏、劉芳亮及李來亨等幾員大將，繼續東進，然後趨進江西興國等地，以待和其餘兩路人馬的會合。
這時，清兵阿濟格會同吳三桂及尚可喜等已經將武昌緊緊地包圍起來，面對此等危險局勢，田見秀和劉體純立即率領所部人馬出城和清兵接戰，以圖打破清兵的包圍，經過奮力死戰，終於從阿濟格和尚可喜所屬人馬的接合部殺開一條血路沖了出去，然後便沿各自撤退的方向遠去。
而李自成則趁田見秀和劉體純與清兵接戰的時候，率領大順主力突然沿水路東下，數營剽悍的水師則在鸚鵡洲殿後拒戰。當李自成在幾名貼身內侍的護衛下，牽着皇後高氏的玉手登上一艘戰船的時候，他不禁為自己這狼狽的處境而唏噓慨嘆。
可是，也就在他剛剛上船的時候，卻突然從對岸射過來一排排密密的箭矢，原來，關寧軍的一隊偵騎行進於此，見大順軍正在撤退，遂立即向其展開進攻。
其時李自成和高氏正站在船舷邊，孫錫君眼見密集的箭矢射將過來，便立即揮起長劍抵擋箭矢，一邊則用身體擋在了李自成和皇後高氏的胸前。
但是，關寧軍的箭矢亦實在是太密集了，只頃間，孫錫君便連中數箭。當大順軍奮起還擊，並將關寧軍的這支偵騎擊退的時候，孫錫君早已氣絕身亡了。
李自成眼見這位貼身內侍為了保護自己而死去，不禁流出了感動的淚水。
他原以為，自李良辰和青猴兒離去後，這位明朝錦衣衛亦會離他而去的，卻不曾想，他仍然一直緊緊地跟隨着自己一路西撤，然後又一路東下，今兒則更為自己捐軀犧牲。
可是，亦恰是從他的身上，他似乎有了一種不祥的預感。於是，他不由不一陣搖頭嘆息，他仿佛在心裡默默地祈禱，一切都聽天由命吧!
終於，李自成將其主力撤到了陽新富池口，可是，還未待其紮下營盤，清兵的先鋒人馬卻突然趁其不備，殺入營壘，大順軍死傷無數，李自成方才且戰且走，脫出了清兵的追擊。