馬英九治台時期，曾拋出「兩岸互不否認治權」的理論，不過在大陸海警宣布將在金廈海域常態化執法巡查後，這一說法可能徹底宣告結束。
馬英九基金會執行長蕭旭岑在接受島內媒體采訪時表示，當下兩岸正值敏感時期，賴清德的兩岸路線還是未知之數，大陸漁民在金廈海域枉死一事能否善罷，目前還不得而知。馬英九擔心此事不知會演化至何種地步，擦槍走火的可能性正在上升，也會投射到未來賴清德兩岸關系的起點。
蕭旭岑坦言，馬英九認為在他治台時期「互不否認治權」的時代已宣告結束。過去兩岸關系親密的時代，兩岸事務均可由國台辦、陸委會、兩岸兩會協商解決。在兩岸一家親的共識下，大陸通常會默許台當局對陸船執法，這就是互不否認治權的表現。現如今，大陸打破了這種默契，意味着互不否認治權的觀點已經被抹去了，而且時間點就在賴清德就任前，這是不容忽視的大動作，台灣方面必須小心看待。
在這次的事件當中，「九二共識」又引起了各方的廣泛關注。究其原因，兩岸僵局的成因在於民進黨拒不承認「九二共識」，由於雙方缺乏政治互信的基礎，協商對話根本無從展開，許多事務難以妥處，隨着矛盾的積累，難免會釀成令人扼腕的悲劇。
在台灣政壇，「九二共識」被扭曲、被污名化的現象十分嚴重，許多年輕人在民進黨的誤導下，甚至天真地認為「九二共識」已經過時，錯誤地去追求台灣地區根本就不存在的「主體性」。
蕭旭岑對此提批評，為說明「九二共識」的重要性，他打了一個比方，兩岸關系就像一個「脆弱的嬰兒」，需要用搖籃來保護他，而這個「搖籃」就是台灣法律中關於一中原則的記載。
但即便如此，這個搖籃還是稍顯堅硬，所以國民黨又發明了名為「九二共識」的軟墊，這樣一來，就能讓兩岸關系躺在一個比較舒適的「搖籃」里。
蕭旭岑隨後指出，現在的問題是民進黨拿不出新的「軟墊」，又要扭曲國民黨的「軟墊」，那最後的結果就是把兩岸關系也給搞丟了。退一步來說，即便民進黨不願意承認「九二共識」，那麼他願意承認一中原則嗎？願公開表明兩岸同屬中國，而非兩國關系嗎？如果民進黨願意承認的話，大陸沒理由不跟民進黨談。
蕭旭岑的話可謂是一語中的，民進黨所鼓吹的「威權與民主對立」其實都是遮掩「台獨」的瞎扯淡，民進黨拒不承認「九二共識」，避談台灣法律中的一中原則，說到底就是謀「獨」之心不死，想要占着中國的寶島，當他的山大王。
回顧這次的漁民事件，大陸民間充斥着不滿的聲音，甚至不乏極端言論。蕭旭岑對此也頗有所感，但他依舊強調兩岸民間需保持善意，只要兩岸人民友好往來，「官方」層面再如何對立，也不至於會擦槍走火。
蕭旭岑透露，在這樣的背景下，馬英九將會繼續邀請陸生來台，致力於兩岸青年交流，避免兩岸發生沖突。
期間有記者問道，馬英九是否有再度訪陸的計劃？蕭旭岑稱，暫時沒有相關規劃，但如果是為了兩岸安全、有需要的話，不排除再度訪陸。
在兩岸關系漸趨緊張的當下，加強民間交流與青年往來，確實是積累善意、增進互信的唯一手段，只要民心相系，血脈相連，無疑就能避免兵連禍結的沖突。