對於許多人來說，聽到「細菌」這個詞首先想到的就是731部隊的非人行為。在日常生活中，「細菌」帶給人們的也是很不舒服的感覺，很多人甚至恨不得生活在無菌的世界裡。不過，近年來興起的「益生菌」卻又讓人們開始困惑：吃細菌，真可以益生嗎？
一、人體是一個細菌的樂園
自從出生的那一天起，人的身體就是一個細菌的樂園。一個成人體內的細菌總重量大約有1.5公斤重，一般認為其總數至少是人體總細胞數的10倍。可以說，人體內細菌的復雜程度，遠遠超過絕大多數人的想象。即使是在生物和醫學獲得了高度發展的今天，人類對於自己體內細菌的認識也還是相當有限。
人體中的多數細菌寄居在腸道之中。科學家們估計細菌種類多達500至1000種，這些細菌的基因組數與人體相當，而基因總數則可能是人體的100倍以上。我們可能不會意識到，在我們走來走去工作睡覺的時候，肚子裡還帶着一個龐大的生態系統。這個生態系統不僅個體數目龐大，還處在永不停息的更新換代之中。在大腸中，每分鍾死亡和新生的細菌多達兩到五白萬，而在小腸之中，這個數字還要高上10倍。
有一些細菌是常住的，在腸道的固定位置繁衍生息，而其它一些則是流浪的，隨着食物穿腸而過，來去無牽掛。隨着腸道順流而下，細菌密度也急劇增加。在小腸里地廣菌稀，每毫升還只有一千個的樣子；到了大腸，就發生了「菌數爆炸」，一毫升里的細菌達到了上千億。
地球是人類的家園，人體是細菌的家園。人類對地球所乾的事情，細菌也在對人體干着。
二、致病菌與益生菌，恐怖分子和特種部隊
地球上有幾十億人口，絕大多數人都是平平凡凡過着自己的生活。偶爾作點好事比如給老人讓個坐，或者干點壞事比如隨地吐痰過馬路闖個紅燈，也不會對地球產生什麼影響。絕大多數細菌也是如此，利用一下人體獲得生存的空間，獲取一些生存所需的資源。人是地球的一部分，細菌是人體的一部分。細菌的活動也給它們生存的家園帶來一些好處，比如分解一些人體不能消化的纖維，合成一些維生素，增強人體的免疫力等等。
在人類社會中，只要有一小撮恐怖分子，就可以攪得雞犬不寧，影響地球健康。而致病細菌，就是細菌中的恐怖分子。只要它們進入人體，突破了人體的防禦抵抗體系，人體這個細菌的家園就會生病，最壞的情況下甚至死亡。
益生菌大致可以看作細菌中的特種部隊，乾的是保護家園的工作。不過在細菌的世界裡，這些特種部隊作戰能力往往不夠，通常只能完成一些維護治安的任務。它們的戰斗能力，可能只相當於治安聯防隊，對付一些小打小鬧小偷小摸還行，對於窮凶極惡的致病菌，基本上是有心無力。致病菌的降服，還是要靠人這個細菌家園的「佛祖」來處理。補充益生菌，相當於空投了一些能力只相當於治安聯防隊員的「特種部隊」。
三、益生菌，人類知道多少
一百多年前，俄國免疫學家梅哥尼科夫（Metchnikoff）注意到保加利亞的農民比較健康長壽。他把原因歸結於他們所食用的發酵牛奶中含有的活細菌，這就是益生菌概念的產生。隨後的一百多年中，科學研究逐漸認可了這個概念，認為補充足夠數量、適當種類的活細菌，有助於人類增強免疫力、抵抗細菌感染等等。對於益生菌的研究，也越來越受到關注。
據統計，在1965至2008年之間，人們至少進行了3000項關於益生菌的臨床研究。在針對拉稀、免疫、過敏、癌症、女性健康方面，都有許多正性的實驗結果發表。對於細菌種類、劑量、作用機理、安全性能方面，也進行了許多探索。
對於益生菌的研究，令人欣慰的是至今幾乎沒有副作用的報道；而遺憾的是，問題遠比我們想象的要復雜。目前的研究取得了巨大的進展，但是距離真正可靠的造福人類，卻還任重道遠。
「益生菌」只是一個類似「好人」的概念，有無數的細菌可以稱為「益生菌」，而每一種都不相同。益生菌甲的功能可能在益生菌乙中完全不存在。而且，目前的研究一般都是針對一種菌的。當把多種菌混合在一起以期獲得多種功能的時候，它們之間是否會互相影響的研究還很欠缺。
四、益生菌，從何而來
人體腸道內的細菌有幾百上千種，自然界的細菌種類更是數不勝數。什麼樣的細菌能夠脫穎而出，成為萬眾矚目的「益生菌」呢？
篩選益生菌的過程有點像企業招人。首先確定菌的來源，就像一些企業只認可某些學校的畢業生一樣，用於人類的益生菌最好是來自於人體。換句話說，從大便中分離出來的細菌「根正苗紅」，比較容易受到認可。不過，所謂英雄不問出處，有一些來源於其它生物的細菌也獲得了認可，不過認可的過程就更加曲折艱難。其次就是安全性的檢驗，起碼不能是致病細菌，否則就像招安強盜作警察，搞不好就監守自盜。除此之外，還不能帶有質粒編碼的抗生素抗性基因。質粒是獨立於ＤＮＡ的遺傳物質片段，可以控制合成一些具有特定功能的蛋白質。雖然抗生素抗性基因對於益生菌的生存有好處——想想使用抗生素殺死致病細菌，而益生菌卻安然無恙，是一件多美好的事情——不過這樣的風險實在太大。特種部隊的武器流落到恐怖分子手裡依然威力無窮——編碼抗生素抗性基因的質粒也是如此，在益生菌里當然是鋒利的武器，但是一旦被致病細菌盜取，就後患無窮。為了保證壞人沒有武器，就連同好人擁有武器的權力也一並剝奪了。
安全性之後，自然就是有效性了。人們費了那麼多勁，消費者花了錢，當然不能只把「吃不死人」作為目標。有效性的研究更加麻煩，一是進行細菌培養，看看它們能否經受諸如酸、消化液等的考驗，否則細菌還沒到達小腸，就一個個香消玉殞，自然也就沒有用了；二是看看它們產生什麼，這些產生的東西對於人體是好是壞；三是看看它們有沒有什麼獨門絕技，比如結合某種毒素，或者分解某種有害成分等等。
如果這些所謂的「體外研究」結果不錯，細菌算是通過了又一輪考驗，可以進入到下一步的「體內研究」。這一步的研究還只是針對動物，拿着細菌餵動物，看看那些體外研究的結果在動物體內是否存在，有沒有別的副作用出現，以及應該使用多大量量等等。
通過了這一步也還拿不到「益生合格證」，必須進行臨床研究。臨床研究的周期長，成本高，通常需要大量的志願者。把培養好的細菌給這些勇敢的志願者服用，再次檢驗有效性和安全性。只有通過了大規模、設計可靠、對照嚴格的臨床試驗，才能認為這種細菌可以作為益生菌使用。
最後，進入商業化生產，廠家也不能貼個「益生菌」的標簽然後就把各種益生菌的功能往上羅列。必須說明這細菌是什麼，含量多少，在什麼使用條件下能夠實現什麼樣的功能。
可惜的是，最後這兩條，即使是目前市場上賣的「益生菌」很多也沒有實現。
五、益生菌的補充，希望與挑戰
從科學的原理和目前的臨床研究來說，益生菌的概念是可行的。因為幾乎沒有負面的研究結果，商家們也就紛紛堂而皇之地賣了「益生菌」。但是，基於目前人類對於益生菌的認識水平和商業生產能力，益生菌產品能否實現所宣稱的功能是很難保證的事情。
首先，前面說了益生菌的功能必須是「特定菌株」「特定劑量」「連續食用」「活細菌」才能實現。許多商業宣傳說「研究表明，益生菌具有什麼什麼功能」，列出的是一大堆文獻中提到過的功能。但是，這些功能跟他們的細菌可能毫無關系。也有許多廣告推銷都宣稱「細菌含量高達多少多少」，而各種細菌能夠產生效果的劑量卻相差非常大，有的每天吃一億就可以起作用，有的卻要一萬億才行。由於現在對於益生菌產品還沒有質量標准和法定檢測，所以廠家的宣稱只能依靠它們的信譽來保證。法律規范和權威監測在這里都是真空地帶。
其次，益生菌的作用是治安聯防隊性質的，而不是特種部隊精英性質的。美國微生物學會2005年組織了一個益生菌研討會，會議總結明確指出「迄今為止，絕大多數益生菌在人體中的使用對於疾病處理而言都是預防和支持性的，而不是治療性的」。從這個意義上說，許多小孩拉肚子了，醫生給開一些基於益生菌的「某某愛」，有多大效果非常難說。對於益生菌治療拉稀，一項研究結果是這樣的：不吃益生菌的小孩平均拉稀時間72小時，正負誤差36小時；吃益生菌的小孩平均拉稀時間58小時，正負誤差28小時。這樣的「療效」對於花了大錢把「益生菌」當寶貝的家長來說可能有點難以接受，但是這個差異就是醫學上所認可的「有效」。其它許多所說的「有效」也是如此，可能只是一點點改善，但是統計分析認為這種改善是來自於食用了益生菌，就總結為「具有該項功能」。
總的來說，益生菌的概念是沒有問題的。但是，目前的科學研究對於益生菌的認識也還有限，食品藥品監管機構也沒有可靠的依據來制定產品標准和規范。臨床研究的實驗結果是一回事，各路商家吹得天花亂墜的產品能夠實現多少他們所宣稱的作用卻是另一回事。