在稻妻的主線中，我們玩家會碰到兩支隊伍，一邊是執行着雷電將軍命令，嚴格執行眼狩令和閉關鎖國的政策的幕府軍，因為不堪忍受壓迫，最終，內部很快誕生了一支反抗軍，這支反抗軍一直以來和幕府軍交戰多年，誰也打不下對方來，即便我們玩家推完了稻妻的主線了，也沒見他們有和解的打算，因此，肯定有觀眾跟我一樣好奇他們雙方，誰的實力比較強？
先來說幕府軍，幕府軍看似軍事力量強大，還是稻妻的正規軍，屬於典型的主力軍隊，可問題是幕府軍並沒有表現看起來的那麼團結，九條裟羅看似是老大的情況下，雖然有一定的作戰經驗，幕府軍內部卻是一盤散沙，幾乎到了各自為戰的地步，比方說，社奉行內部有自己的私人武裝，打起來根本做不到團結一致。
劇情裡面，幕府軍第一次和反抗軍交戰的過程中，就被對方打得七零八落，九條裟羅不得以只能宣布撤軍保存實力，因為幕府軍現在就像是一盤散沙，沒辦法凝聚成一股麻繩，甚至連隔壁荒瀧派的荒瀧一斗都很難對付，更別提對付反抗軍了，當然，考慮到劇情裡面，再怎麼說，他們也有一個強大的王者雷電將軍，還是能夠鎮得住場面的。
而回過頭來看反抗軍，反抗軍的內部團結度遠超幕府軍，他們能夠做到一致對外，不僅強大戰力的角色可以充當主力，隔壁五郎也不甘敗下陣來，更重要的是老大珊瑚骨的那條魚，那可是實打實的最強奶媽，再加上大家別忘了爺，她可是劍魚二番隊的隊長，有這位爺的加持，那實力絕對是大大加強了，對手完全不夠看的存在。
有人這里就不服了，幕府軍實力還是很強的，天領奉行有九條裟羅，社奉行有神里綾人兄妹倆，楓原萬葉、托馬等人，更重要的是還有鹿野院平藏撐場面，怎麼就不如反抗軍的實力強大了， 但是，恰恰正是這樣的結果，才導致他們沒辦法凝聚成在一起，幕府軍太散裝了，各自都有自己的小心思，八重神子不願意幫，雷電將軍全程掛機，能撐場面的角色基本沒多少了。
所以，幕府軍最大的問題在於無法團結在一起，天領奉行負責的是稻妻的治安和軍事相關的事情，勘定奉行有抓的是稻妻的財政和海關，社奉行又是文化相關的負責人，這就導致了他們內部的利益劃分非常明確，誰也不願意犧牲自己的利益來換取某些事情上的好處，以至於無法達到一致對外的情況，最終，反抗軍會慢慢蠶食他們的。