在明朝之前，台灣島和大陸的聯系並不密切。三國時期，孫權曾經派遣衛溫、諸葛直帶領1萬遠征夷洲，掠奪人口，但二人損失巨大，回來後被孫權所殺，再也不出兵夷洲了。隋朝時期，再次出兵劫掠琉求，此後大陸和台灣島之間就長期沒有交往的記錄。
南宋時期，開始在澎湖列島進行管轄。元朝因之，在澎湖設立澎湖巡檢司，明初繼承。注意，澎湖巡檢司只管轄澎湖列島，並不管轄台灣島。元朝曾經多次派遣使者到台灣島招撫，但都失敗，最後不了了之。
1384年，朱元璋為了配合海禁，將沿海許多島嶼的居民內遷，澎湖巡檢司也被廢除。此後將近200年，明朝沒有管轄過澎湖列島。對於台灣本島，朱元璋將小琉求作為「不征之國」之一，禁止子孫擅自征討。此後的200多年，明朝官方和台灣本島基本沒有任何聯系。
《天下輿地圖》中的琉球國和小琉球
海禁推行後，福建、浙江和廣東一帶的海商備受打擊，於是許多人便鋌而走險搞起了走私貿易，甚至直接發展成為了武裝海盜集團。這些海盜集團多經營中日之間的貿易，他們為了防止明朝的打擊，多將據點設置在東海的孤島之上，台灣島就成為了許多海盜的一個據點。
明朝嘉靖年間，對海盜進行了大規模的掃盪。為了進一步防範海盜侵擾，明朝於1563年重設澎湖巡檢司。但不久，葡萄牙、西班牙、荷蘭等殖民勢力東來，明朝的沿海局勢再次發生了巨大的變化。
1553年，葡萄牙通過賄賂等手段租占了澳門，從此澳門成為了葡萄牙在東亞的貿易中轉站。荷蘭人為之眼紅，也向明朝提出了借地通商的要求，但遭到了明朝的拒絕。隨後，荷蘭於1601年和1604、1607年三次對澳門發動戰爭，企圖從葡萄牙手中奪取這個據點，但三次都被葡萄牙給擊退了。
在1604年進攻澳門的行動中，荷蘭有兩艘戰船在廣東海面遭遇台風，被吹到了澎湖列島，隨後荷蘭就企圖將澎湖列島作為據點。但很快，明朝的海軍將領沈有容將荷蘭戰船趕出了澎湖。
澎湖列島
1622年，荷蘭以七艘軍艦900人，再次占領澎湖。隨後，就是明朝水師包圍澎湖，雙方展開了激烈的戰爭。到1624年，明朝集中在澎湖一帶的戰船達200艘，軍隊上萬人。這時候，明朝在澎湖列島的軍力占據了優勢，處於主動地位。但明朝也沒有擊敗荷蘭的絕對把握，因此雙方長期處於對峙狀態。
這時候，台灣的海商集團領袖李旦出面斡旋，最終明朝福建巡撫南居益和荷蘭殖民者進行談判，談判的結果是荷蘭人退出澎湖列島，同時明朝默許荷蘭人去攻占台灣島。
為什麼明朝會讓荷蘭進攻台灣島呢？對於明朝來說，台灣島是海盜的聚集地，明朝從未管轄。這些海盜不僅威脅了沿海的安全，還沖擊了明朝的「海禁」體系。因而明朝想借荷蘭人之手對付台灣的海盜勢力，自己則坐收漁翁之利。
另外，明朝人對於台灣島的大小也沒有什麼概念。從明朝留下來的一些古地圖來看，台灣島（小琉球）的輪廓十分抽象，澎湖列島大小差不多，甚至和大琉球（琉球群島）的位置也經常搞混。明朝的官員可能認為台灣島只是一個無關緊要的小島，因而也就願意讓荷蘭去占領了。
明朝《職方大一統》地圖上的台海地區：台灣島竟然和澎湖列島一樣大
1624年，荷蘭就出兵占領了台南，開始進行殖民擴張。荷蘭的好算盤是壟斷東亞的貿易，因此荷蘭之後又出兵攔截福建到馬尼拉的船隻，逼迫福建商人到台灣貿易。1625年，荷蘭又頒發了「貿易許可證」，只有獲得證件的船隻才能去東南亞和日本貿易。但荷蘭的打算並沒有成功，福建的船隻雖然無法南下南洋，但也不願意去台灣。
這時候，荷蘭方面又想去福建沿海騷擾了，但礙於簽訂了協議，因而不能前往。於是，荷蘭東印度公司選擇扶持台灣的海盜勢力作為代理人，鄭芝龍被選中。鄭芝龍原本是李旦到荷蘭人處的翻譯，和荷蘭人十分熟悉。荷蘭就支持鄭芝龍坐大。兩年後，鄭芝龍就擁有了上千艘船隻，並多次擊敗福建水師。福建為了防範海盜的襲擊，就在福建再次推行海禁，福建商人也就無法出海貿易了。
明末台灣局勢
但荷蘭人又很快發現鄭芝龍在台海的勢力壯大了。於是荷蘭又聯合明朝福建巡撫對鄭芝龍的船隊發動進攻，但屢次被鄭芝龍擊敗。鄭芝龍認識到長期和兩大勢力為敵不是長久之計，於是在1628年就放棄了台灣的基地，轉而前往福建接受了明朝的招安，宣稱要為明朝「剪除夷寇、剿平諸盜」。
仔細看他的口號就知道鄭芝龍投靠明朝的目的，那就是藉助明朝的支持，消滅其他海盜勢力。就在鄭芝龍歸順兩個月後，他的部下李魁奇就不滿「招安」而下海為盜。為了消滅李魁奇，鄭芝龍也和荷蘭進行了談判，和荷蘭達成了一些貿易協定，而荷蘭則出兵幫助鄭芝龍消滅李魁奇、鍾斌等海上勢力。此後，鄭芝龍勢力進一步膨脹。
荷蘭幫助鄭芝龍的一個要求就是開放福建的港口。但戰爭之後，福建巡撫依然堅持海禁令，只允許有許可令的福建人下海活動，不允許外國人至福建貿易。在兩年的時間，固件一共才發了6張許可證，福建的貿易幾乎是停滯的。荷蘭不滿，於是又聯合劉香海盜集團對福建方面發動了戰爭，史稱料羅灣海戰。
戰爭初期，明朝損失慘重。在北上的過程中，荷蘭擊退了26艘明朝船隻組成的艦隊，隨後又襲擊了廈門港，導致明朝25隻大型戰船、20艘小型戰船被擊沉，鄭芝龍也損失十分慘重。後期階段，明朝水師大幅度擴張，鄭芝龍也積極向英國購買武器，武裝了50艘炮艦和150艘戰船。最終，荷蘭不敵，損失兩艘戰艦，被迫撤離戰場。
1633年11月，荷蘭和鄭芝龍再次進行談判。這次談判的結果是荷蘭答應不再支持劉香，而明朝放開福建的港口，允許荷蘭前往貿易。1635年，鄭芝龍和明朝水師對劉香海盜集團發動了進攻，劉香戰敗自殺，部眾投降，至此明朝附近一帶的海盜勢力基本被消滅。
經過這一系列復雜的斗爭，最終就是荷蘭在台灣建立了據點，並且獲得了福建的貿易權。荷蘭人雖然未能壟斷東亞的貿易，但也收獲巨大。而明朝則利用荷蘭和海盜的矛盾，招安了鄭芝龍，消滅了其他海盜勢力，使得沿海更加安全。鄭芝龍則遊走在兩大勢力之間，左右逢源，獲得了巨大的利益。看起來這個是多贏的結果，實際上卻是以台灣島的淪陷為代價的。
